去了长沙当知府虽然表面上是升官，可这个官却不是那么好干的。堵胤锡去长沙的时候正好是流寇闹的最凶的时候，长沙的地理位置注定了它是流寇进攻的目标之一，如果流寇直接打来，凭借长沙的兵力很难守住，一旦城破就是以身殉国的结局。
但堵胤锡明知道这个情况却依然赴任，到了长沙后他不仅在短时间内处置了长沙府累积的三百多件案子，还以知府的名义招纳军士组建民团，练兵备战。
在他当知府的几年中，亲自领军击退了多股流寇的进犯，保住了长沙安危。同时还在当地鼓励生产，收拢流民，安置灾民，开仓救济，深得百姓爱戴。
之后因为政绩卓然，再加上中原流寇势大，朝廷特意升了堵胤锡两级官衔，继续留任长沙知府，同时兼武汉和黄州兵备道。
当了兵备道不久后，京师大变，朱慎锥以靖难名义入京掌控朝政，软禁了崇祯皇帝。在长沙的堵胤锡闻讯破口大骂，甚至想过起兵勤王打算，可还没等他做出安排，朱慎锥以雷霆万钧之势就先解决了几支勤王部队，再拉拢了李太妃，以先帝太妃名义下旨封朱慎锥为郡王，并挟崇祯皇帝下圣旨让其总揽朝政，压制地方。
接下来朱慎锥采取了一系列的政策，在北方长城击退了建奴，随后调集国内军队围剿各地流寇。等最大的流寇高迎祥覆灭后，剩余的流寇流窜于中原各省，朝廷采取了八面张网，步步紧闭的政策进一步围剿，而那时候的堵胤锡为大局考虑配合作战，在彻底剿灭流寇的大战略下立下了功劳。
等平定了内乱后，朝廷又颁布了多项政策，缓和地方矛盾，恢复生产，减免税赋，并拨款赈灾。在这种措施下，堵胤锡也渐渐对朱慎锥有了好感，虽然他当时心中对朱慎锥上位的手段依旧有所非议，但也承认朱慎锥为政能力要比崇祯皇帝强了许多。
等到朱慎锥正式登基后，堵胤锡因为孙传庭的缘故由长沙知府转任西安知府。孙传庭在围剿流寇的时候和堵胤锡打过交道，而且孙传庭作为科举的前辈，早就认识堵胤锡，知道他的能力不俗，当时因为朝廷刚刚设置陕甘总督一职，孙传庭被任命为陕甘总督，而因为战乱和天灾人祸，陕西一地破坏严重，孙传庭急需有能力的助手帮他，所以通过关系把他从长沙给调去了陕西。
到了陕西，堵胤锡在西安知府任上干的非常不错，短短数年中就协助孙传庭稳定了地方，生产也逐步恢复。按理说以他政绩和这些年的官职流转早就应该升官了，其他不讲当一个布政使也足够，可后来孙传庭不肯放他走，希望他能在陕西多留几年，商议后在吏部升迁时想了办法，直接让堵胤锡从山西知府升迁为陕西提督学政，这个职务从级别来说仅次于布政使，但因为学政比较特殊更清贵些。
虽然当了学政，可堵胤锡除去学政的工作外还协助孙传庭负责总督衙门的诸多事务，无论是民政还是军政堵胤锡做起来都得心应手，深得孙传庭的信任。这样一干就是好几年，现在堵胤锡再不升官是不可能了，而孙传庭也不会一直把他留在自己手里，毕竟他仅仅只是一个陕甘总督而已，如此能臣继续在自己手下岂非浪费，也委屈了。
就在这个时候，孙传庭听说了台湾被收复的消息，又听说了皇帝准备在台湾设府进行治理，并且着手准备挑选合适的官员当这个知府。
但挑来选去，皇帝始终没找到合适的人选，得知这个消息后孙传庭顿时心中一动，他立即就想到了堵胤锡。
以堵胤锡的级别和资历，从学政这个官职上升迁大概率是去礼部为官，当一个礼部右侍郎的官职，或者放到南京礼部当左侍郎。假如不这么安排的话，就是选一省当右布政使了，至于当左布政使虽然也可以，但毕竟堵胤锡的资历还差那么一点点，再加上孙传庭和堵胤锡多年的朋友，两人相交甚深，知道他这个人的脾气，堵胤锡什么都好，唯独一点不喜欢当人家的副手，要当就当主官，假如让他做侍郎，或者当右布政使，恐怕堵胤锡都不会愿意。
而去台湾当这个知府倒是一个不错的选择，堵胤锡能力极强，不仅懂民政也懂军事，而且还当过学政，可以说他在军政各方面几乎没什么弱点，而且他的为人也没问题，虽是清官却不迂腐，做事灵活多变，手段更是层出不穷，区区一个台湾知府对别人来说或许很难，可对堵胤锡而言却完全不是问题。
何况孙传庭和其他人不一样，别人或许觉得台湾这个地方刚刚设府是个不毛之地，去了那么等于发配海外，前途渺茫。可孙传庭是什么人？别说他个人的能力和眼光，再加上他和皇帝的关系更不是常人能比的，他一眼就看出朝廷在台湾设府的真正用意和台湾未来在大明的重要性，如果能当好这个台湾知府，在这个任上做出成绩来，只要干上几年，凭借这份功劳必然成为朝中重臣。
到时候堵胤锡别说一个福建布政使了，哪怕就算是入京当一部尚书或者地方当总督都是轻而易举的，别忘了台湾不仅归福建管辖，还受中枢双重管辖呢，台湾知府可以直接面圣，奏折直上天庭，这可是大明所有知府中独一份的，仅此说台湾知府是天下第一知府丝毫不为过。
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